Pada jaman penjajahan Belanda, Desa di kenal dengan sebutan VOLKGEMEINSCHAPEPPEN atau kesatuan masyarakat yang hidup bersama secara mandiri. Pada jaman itu, desa diakui sebai sebuah komunitas hukum yang memiliki ciri khas. Tradisi kemandirian untuk mengatur pemerintahan sendiri, hal ini terbukti dengan adanya rembug desa sebagai keputusan hukm tertinggi di tingkat desa bagi masyarakat dalam memutuskan suatu masalah yang ada di desanya.
sejarah manggungsari bermula dari penggabungan dua desa yang telah ada sebelumnya yaitu desa Tradjoe dan Desa Manggoengsari. Desa Tradjoe sendiri terdiri dari Dusun Tradjoe, Dusun Gondangan dan Dusun Dayaandan Desa Manggoengsari terdiri dari Dusun Temanggoeng, Dusun Manggoengsari, Dusun Dayaan dan Dusun Kampung baru.
Penggabungan kedua desa ini terjadi pada tahun1924 yang di tandai dengan proses pemilhan kepala desa secara langsung oleh rakyat. Adapun Desa Manggungsari sejak tahun 1924 sampai dengan sekarang telah terjadi beberapa kali kepemimpinan yang terbagi dalam beberapa periode yaitu :
a. Periode I
Terhitung mulai 16 Juli 1924 sampai dengan 1941 kepemimpinan desa manggungsari di pimpin oleh Soeryani.
b. Periode II
Terhitung mulai 23 Maret 1941 sampai dengan 1945 kepemimpinan desa manggungsari di pimpin oleh Sedan.
c. Periode III
Terhitung mulai 1 Maret 1946 sampai dengan 1949 kepemimpinan desa manggungsari di pimpin oleh Reban.
d. Periode IV
Terhitung mulai 09 Mei 1949 sampai dengan 29 Desember 1970 kepemimpinan desa manggungsari di pimpin oleh Kromorejo.
e. Periode V
Terhitung mulai 16 April 1971 sampai dengan 05 September 1988 kepemimpinan desa manggungsari di pimpin oleh Paat Basari.
f. Periode VI
Terhitung mulai 26 Januari 1989 sampai dengan 18 November 1998 kepemimpinan desa manggungsari di pimpin oleh Sutoyo.
Periode kedua Terhitung mulai 19 Maret 1999 sampai dengan 24 September 2007 kepemimpinan Desa Manggungsari di pegang oleh Sutoyo.
g. Periode VII
Periode Pertama Terhitung mulai 24 September 2007 sampai dengan 2013 di pegang oleh Ir. Suprat. Periode Kedua 2013 sampai dengan 2019.