Nama Desa Kedungboto diambil dari nama "Kedung Boto". Kedung berasal dari bahasa Jawa yang dalam Bahasa Indonesia adalah lubuk, sedangkan Boto memiliki arti bata. Nama itu diambil dari bentuk batuan alami yang tersusun mirip batu bata yang ada di aliran Kali Ringin yang melewati Dusun Kedungboto, Desa Kedungboto.
Cerita-cerita tentang sejarah Desa Kedungboto yang terkabarkan hingga saat ini masih berupa legenda dan cerita rakyat turun-temurun, sehingga masih perlu dilakukan penelitian lebih lanjut mengenai sejarah berdirinya Desa Kedungboto.
Dalam buku Mengenal Desa Kedungboto yang diterbitkan Pemerintah Desa Kedungboto Tahun 1985, halaman 44 dan 45 disebutkan bahwa kedung di Dusun Kedungboto pada kisaran tahun 80-an pernah diteliti oleh Dinas P&K Kecamatan Limbangan, dan dinyatakan mungkin ada kaitannya dengan nama Desa Kedungboto.
Diperkirakan, Desa Kedungboto sudah ada sejak masa kolonial, bahkan mungkin sebelum masa itu, namun belum ditemukan angka tahun yang pasti mengenai berdirinya Desa Kedungboto. Bila menilik sejarah desa-desa di Kecamatan Limbangan yang berdirinya banyak terkait dengan masa Mataram Islam, besar kemungkinan Desa Kedungboto juga berdiri di masa itu.
Sedangkan mengenai kepala pemerintahan desa atau Lurah yang sekarang disebut sebagai Kepala Desa, catatan dari sumber tertulis yang dimiliki Arsip Desa Kedungboto, hanya ada semenjak Indonesia Merdeka. Sebagaimana kita ketahui, penyebutan Lurah menjadi Kepala Desa berubah sejak terbitnya Undang-undang Republik Indonesia Nomor 4 Tahun 1979 Tentang Pemerintahan Desa seiring dengan diaturnya bentuk pemerintahan terbawah yakni desa dan kelurahan.
Berikut nama-nama Kepala Desa Kedungboto sejak 1945 sampai sekarang:
1. Lurah Mertodihardjo; 1945-1948 (tidak ada arsip foto)
2. Lurah Soeroko; 1948-1951 (tidak ada arsip foto)
3. Lurah Hardjo Soedi; 1951-1975
4. Lurah/Kepala Desa Aceh Soetanto; 1975-1990
5. Kepala Desa Doelami NP.; 1990-1993
6. Pj Kepala Desa Gimin Edi Soedarmo; 1993-1994
7. Kepala Desa Aceh Soetanto; 1994-2003
8. Kepala Desa Trining Harijati; 14 Januari 2003-14 Januari 2008
9. Pj Kepala Desa Misriyanto; 2008-2009
10. Kepala Desa Turkamun; 2009-2014
11. Pj Kepala Desa Martono; September 2014-April 2015
12. Pj Kepala Desa Mulyadi; 2015-2016
13. Kepala Desa Turkamun; 2016-2022
14. Kepala Desa Ina Kristiyani; 2022-sekarang